[Nalf]

Bonjour à tous !

Un poste d'ingénieur (pour 2 ans) est proposée par à Neurospin, là où je fais mon stage. Je le prendrai bien mais je suis pas dispo l'an prochain (master ), et ça a l'air un peu pressé.

Ca correspond à peu près à ce que je fais dans mon stage, je peux donc vous dire que :
- tout le monde est super sympa (c'est important, après tout)
- le python est relativement facile à apprendre, quand on connaît le C/C++ et la Java
- il s'agit du domaine de la neuroimagerie fonctionnelle (comprendre comment le cerveau fonctionne grâce à des IRM) - là où j'ai le plus de problèmes, personnellement, c'est pour comprendre "ce qu'il y a derrière" (en gros, il me manque un cours de neuroanatomie/neurologie et un cours de stats), mais c'est pas insurmontable et pas forcément indispensable

Déploiement et diffusion de fff dans le package brainvisa/Anatomist
Type de poste : Ingénieur
Lieu de travail : Saclay (Orsay)
Thème de recherche : Systèmes biologiques


Environnement
Les activités de l’Ingénieur Associé s’inscriront dans le cadre de Neurospin, la première plateforme de neuroimagerie française, gérée par le CEA/DSV, et dont l’INRIA est partenaire. Dans cette demande, les partenaires sont nombreux et jouent un rôle important:
Tout d’abord, Denis Rivière et Yann Cointepas (CEA-Neurospin), les créateurs de Brainvisa/Anatomist, qui ont mis au point l’environnement globale de développement. Ils seront impliqués pour que les nouveaux développements soient cohérents avec l’infrastructure globale de Anatomist/Brainvisa.
Par ailleurs, Benjamin Thyreau, Alexis Roche et Philippe Ciuciu (CEA-Neurospin), co-auteurs avec Bertrand Thirion de la librairie fff, ont plus particulièrement travaillé sur l’un ou l’autre des aspects que l’on cherche à améliorer. Le travail se fera en collaboration étroite avec eux.
Enfin, Jean-François Mangin et Jean-Baptiste Poline, respectivement animateur du laboratoire de modélisation de Neurospin, et animateur du comité des projets interagiront à un niveau plus global pour assurer la cohérence à long terme du travail.
A un niveau un peu plus large, le développeur pourra collaborer avec des ingénieurs de l’unité U562 de l’INSERM et de l’IFR 49 (Institut Fédératif de Recherche, sur la neuroimagerie), qui seront utilisateurs/testeurs des innovations du système.

Missions
La présente demande vise donc à intégrer des outils de traitement de données fonctionnelles dans Brainvisa (http://brainvisa.info/index_f.html), afin d’en faire un produit plus exhaustif et cohérent.

Activités
En pratique, il s’agira d’intégrer des modules développés indépendamment dans le nouveau logiciel fff « fast fMRI functions » , en cours de dépôt à l’APP par l’INRIA, et dédié à l’analyse des données fonctionnelles. En particulier, on souhaiterait que les utilisateurs puissent y retrouver toutes les briques standard de pré-traitements, de modélisation spatio-temporelle (modèle linéaire général) et d’analyse de groupe. L’équipe INRIA associée à Neurospin a en effet des contributions nouvelles et originales à faire valoir dans ce domaine. La philosophie poursuivie consiste à enchaîner des traitement plus ou moins élémentaires, codés généralement en C/C++, à l’aide d’une couche en python, avec un système de base de données associée qui permet d’indexer les données intermédiaires. Le logiciel sera diffusé sous forme d’un exécutable, avec, pour certains modules, les sources.

Compétences et Profil
– Linux et programmation en python/C/C++.
– Connaissance du monde open source.
– Capacité à travailler en équipe, à interagir avec des non-informaticiens.
– Expérience en traitement d’images, si possible.
– Bonne maîtrise de l’anglais technique

Contact :
Bertrand THIRION : bertrand.thirion@inria.fr

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